As duas opções listadas abaixo terão TortiseHg aberto todos os repositórios que você tinha aberto quando você fechou e abri-los para a revisão do diretório de trabalho.
Alterne a opção para "Salvar os repositórios abertos ao sair" no menu de exibição para ativar.
Na caixa de diálogo Configurações do TortoiseHg, no WorkBench, há uma configuração de "Revisão inicial", selecione workingdir.