Eu tive um problema semelhante com várias instâncias do conhost.exe que eu não pude terminar com taskkill, mesmo dando o pid exato. Eu sempre recebi o mesmo erro, dizendo que não há instâncias da tarefa.
Então eu fiz o que o Pimp Juice TI sugeriu em um comentário acima usando o seguinte comando, que matou com sucesso all conhost.exe de uma vez.
wmic process where name="conhost.exe" call terminate