Com um grande número de arquivos, é melhor criar um arquivo TAR para que você tenha menos arquivos para lidar. Se você estiver usando um disco rígido externo USB 2.0, deve usar o USB 3.0, eSATA ou usar uma rede local rápida.
Qual é o seu sistema operacional de origem? Se ambos os sistemas operacionais fossem Linux, você poderia enviar os arquivos por meio de tar, gzip e ssh para a máquina de destino. Você também pode instalar o cygwin no Windows para obter esse tipo de funcionalidade para o Windows.
Atualização:
" Usando Tar e SSH para melhorar velocidades SCP "post descreve os comandos necessários para enviar o conteúdo do tar sobre o ssh.