A discórdia também não aparece para mim nas Preferências do Sistema - > Notificações, no entanto, existem dois lugares onde as configurações de notificação do Discord são, ambas acessíveis a partir do aplicativo.
Na faixa superior, clique em Discordar > Preferências e há um menu de notificações. De lá, você pode desativar as notificações da área de trabalho.
Além disso, se você clicar com o botão direito em cada canal em que estiver, verá as configurações de notificação por canal.
Por fim, para limpar o selo depois que eu desativei as notificações, cliquei com o botão direito em cada canal e cliquei em "Marcar como lido".