Se o ventilador não for necessário para um resfriamento adequado, provavelmente você poderá executar a placa-mãe sem problemas. Nas baixas correntes disponíveis para um ventilador, não é provável que você veja um risco de incêndio.
Dito isso, se for uma configuração antiga, como você mencionou, talvez seja melhor substituí-la / atualizá-la.
Eu não recomendo tentar substituir o transistor SMD por conta própria. SMD (de) soldagem é um pouco mais difícil do que através de buraco.