Concordo que é muito bizarro o fato de que poucos dos programas existentes de diff de GUI possam criar ou aplicar patches, não tenho conhecimento de um único que possa fazer as duas coisas.
O TortoiseMerge pode aplicar diffs unificados. É um programa autônomo que vem como parte do TortoiseSvn ou se você não quiser o pacote Svn inteiro, você pode pegar o TortoiseDiff e o TortoiseMerge sozinho em aqui .
É um pouco difícil de usar. Lance-o e selecione 'Unified Diff', então ele quer um caminho para um arquivo de patch e um caminho de diretório onde espera encontrar o arquivo a ser corrigido (acho que é porque ele espera operar em arquivos versionados). Em seguida, ele abre a visualização principal mostrando o arquivo a ser corrigido em uma pequena janela estranha e você tem que clicar duas vezes nele para ver o resultado da correção, que você pode salvar no arquivo original ou em um novo.
Ou você pode iniciá-lo a partir da linha de comando assim:
C:\Users\Bob\>tortoisemerge /mine:file1.txt /diff:patch2.diff /patchpath:"C:\Users\Bob"
O que deve facilitar o lançamento de um arquivo de lote ou extensão de shell.