O programa não-Cygwin interativo geralmente não funciona corretamente nos terminais Cygwin, como o mintty, que são baseados em dispositivos pseudo-terminais ("pty"). Isso porque o Cygwin usa os canais do Windows para emular os ptys, portanto, o programa nativo do console vê um canal onde eles esperam ver um console. Entre outros problemas, isso faz com que eles entrem no modo não interativo. Veja aqui muito mais sobre isso:
link
Você pode conseguir que ele funcione de forma aceitável usando a opção -interactive
, mas a solução real é instalar a versão do sqlite3 do Cygwin no Cygwin setup.exe .