Este é um bug com mais de eclipse. Este é um bug do GTK que também afeta alguns objetos flash e programas como o eclipse. Está me enlouquecendo e a única maneira de corrigi-lo no momento é fazer o downgrade do GTK para uma versão anterior que não é algo que eu esteja disposto a fazer.
Você também pode definir
export GDK_NATIVE_WINDOWS=true
antes de lançar o eclipse para consertá-lo. Há um post aqui que cobre O que você precisa fazer. Não é tão difícil de consertar até que a equipe do GTK consiga isso.
De acordo com o rastreador de erros do eclipse , esse problema deve ser corrigido no Eclipse 3.5.2