Você já tentou colocar o Knoppix em uma unidade USB para poder usar o CD? Você pode usar o unetbootin para isso. Eu mesmo fiz isso, muito fácil, basta baixar o Knoppix ISO primeiro e depois usar o unetbootin para gravar em seu pen drive.
Não consigo abrir a unidade de CD porque o Knoppix está usando. Existe uma maneira de contornar isso?
Você já tentou colocar o Knoppix em uma unidade USB para poder usar o CD? Você pode usar o unetbootin para isso. Eu mesmo fiz isso, muito fácil, basta baixar o Knoppix ISO primeiro e depois usar o unetbootin para gravar em seu pen drive.
Se você tiver muita RAM em sua máquina, o Knoppix tem uma opção "toram" que você pode especificar no menu de inicialização (dê knoppix toram como opções de inicialização, acrescentando outras opções se você adicionar algumas para esta máquina ). Isso copia todo o CD para a RAM e o executa a partir daí para que você possa remover o CD e usar a unidade para outra coisa. Vai demorar um pouco para ler o CD inteiro, claro, então o tempo de inicialização será lento, mas uma vez executado a partir da memória RAM, você o encontrará muito responsivo.
Se você não pode poupar 700Mb de RAM, ou não quer esperar tanto na cópia do CD para a RAM, Puppy Linux (veja aqui e aqui para mais informações) que tem pouco mais de 100Mb do que cerca de 700Mb e o IIRC é executado automaticamente a partir da RAM, se encontrar o suficiente disponível (com a opção de correr a partir do CD / USB, se necessário). Obviamente, o tamanho menor significa que você obtém menos opções de aplicativos por padrão (sem OO.o, por exemplo, já que isso é em torno dessa ordem de tamanho), mas você obtém uma quantidade surpreendente de funcionalidade nesses 100Mb.
E, como já mencionado por PP, também há a opção USB se você tiver um stick-drive à mão que possa usar. As chances são de que perder uma porta USB porque você precisa manter o Knoppix plugado será muito menos inconveniente do que ter sua única unidade de CD presa.