Eu tive esse problema com o Ubuntu 12.04 no meu netbook (tela de 1024x600). Eu "resolvi" (realmente trabalhei em torno dele), certificando-se de que todas as janelas começam maximizadas. Isso ajuda, porque janelas maximizadas que são maiores que a tela, mostram as barras de rolagem. E, se você puder acessar as barras de rolagem, poderá alcançar todas as partes da janela.
Para fazer isso, instale o Gerenciador de configurações do CompizConfig (que é uma espécie de programa assustador) e, no Windows Rules, defina a regra Maximizada como class=
. Isso força todas as novas janelas a serem maximizadas.
Eu mesmo não descobri isso ... Eu acho que esta pode ser de onde eu tirei a resposta. Eu não tenho certeza porque eu usei a quarta resposta lá - eu era muito novo no Ubuntu então! Mas, talvez apenas saber que iniciar todas as janelas maximizadas seja uma solução alternativa pode ajudá-lo a obter mais informações, se necessário.