Graças a @ccxCZ em #[email protected], pude descobrir qual era o problema.
Usando o seguinte:
tmux show-options -g | grep prefix
me mostrou que o prefixo era:
prefix '
Testando, foi de fato isso. Eu não sei como ficou assim.
Desde que o meu tmux.conf estava certo, eu só tinha que fazer:
tmux source /etc/tmux.conf
E o prefixo foi definido de volta para o caminho certo.