Comecei a ter esse problema depois de atualizar de 12.04 para 14.04. Tentei limpar / reinstalar o xserver-xorg-input-synaptics, mas o problema persistiu. Decidi procurar os pacotes disponíveis no Gerenciador de Pacotes Synaptic e descobri o seguinte:
xserver-xorg-input-synaptics-lts-trusty
Eu o instalei ao lado do outro pacote ("genérico"). Espero que isso corrija o problema.