Você pode usar o comando why
do Aptitude :
for x in $(apt-mark showmanual)
do
r="$(echo ${x} | sed -e 's/\([+.]\)/[]/g')"
aptitude why ${x} | egrep -q "^i.* (Pre)?Depends +${r}( |$)" && apt-mark auto ${x}
done
Não foi testado, porque não é algo que eu queira (tenho que desfeitar) na minha máquina.