O OS X tem uma estrutura de diretórios fácil de usar (com pastas de nível superior denominadas /Applications , /System , /Users , /Library ), além de uma hierarquia de diretório Unix padrão oculta no Finder ( /bin , /etc , /var , /usr , ...) - essas pastas estão documentadas em man hier .
Além disso, há diferenças entre os diretórios do Unix (pelo menos os usados no OS X) e aqueles encontrados no Linux: Por exemplo, o último tem /srv .
A melhor explicação é provavelmente na documentação do desenvolvedor da Apple , que é muito longa para ser citada aqui. Observe que, no momento, o artigo vinculado é para iOS (no topo) e OS X (mais abaixo).
Onde colocar arquivos também depende do domínio do aplicativo: faz sentido colocar bibliotecas Unix em /usr/local/lib ou diretórios similares, enquanto bibliotecas OS X seriam, por exemplo, em /Library ou similar. Algumas ferramentas (Perl, Python, Ruby) foram configuradas para trabalhar com a estrutura do último sistema de arquivos.