Quando você cria uma nova instância, seja por meio do console, da API do EC2 ou do CloudFormation, é possível especificar o comportamento no desligamento como pare ou termine pelo valor da opção InstanceInitiatedShutdownBehavior. O valor padrão é . Você pode alterar este comportamento a qualquer momento após a criação da instância, se você quer.
Parar significa que a instância ainda existe, mas está desativada. Ele ainda tem um id de instância, mas sua RAM virtual é descartada, assim como qualquer volume de armazenamento efêmero (também chamado de instância) (mas não um volume de EBS). Você pode obter informações sobre a instância usando a API e seu id de instância. Você pode reiniciar a instância no futuro. Enquanto estiver parado, você não estará pagando pelo tempo de execução, embora pague por quaisquer volumes do EBS anexados à instância. A documentação do EC2 aqui da Amazon tem mais alguns detalhes.
Encerrar significa que a instância não existe mais. Você não pode reiniciá-lo, embora sempre possa criar um novo a partir do zero ou de um instantâneo salvo.
A única vez que eu configuro uma instância para terminar no desligamento é quando eu crio uma para executar apenas algumas tarefas específicas. Eu programo para desligar quando tiver terminado e salvo o resultado em outro lugar, e sei que isso fará com que seja terminado, então eu não tenho que me preocupar em lembrar de ir terminá-lo mais tarde.