Este script Perl deve fazer o que você precisa (assumindo que você não precisa de precisão para os 10 -6 de segundo):
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Math::Round;
## Get current date (epoch)
my $date=time();
## Get the seconds offset, rounding to the nearest second
my $ntp=nearest(0.1,'ntpdate -q $ARGV[0] | gawk '(\$NF~/sec/){print \$(NF-1)}'');
## Get the server's time
my $ntp_date=$date+$ntp;
## Convert to human readable and print
print "The time according to server $ARGV[0] is " . localtime($ntp_date) . "\n";
Salve o script como check_ntp.pl e execute-o com o servidor como um argumento:
perl ./check_ntp.pl my.ntp.server