O Virtualbox tem uma ferramenta que cria o arquivo de configuração xml, talvez tente creatvm .
EDITAR: Esta é uma resposta para questionar se é possível recuperar arquivos apenas de instantâneos, sem o arquivo do disco rígido. Resumindo: Impossível.
Explicação mais longa: Cada instantâneo é a diferença entre o instantâneo anterior e o estado atual. No caso do primeiro instantâneo, é a diferença entre o estado atual e o estado do disco rígido. Como você só tem mais diferenças, é impossível recuperar os dados sem o disco rígido original.