Eu sugiro que você use TrueCrypt para criptografar toda a sua unidade, desde o processo de inicialização, porque assim tudo é criptografado. O software, incluindo seu software de servidor de banco de dados, não notará qualquer diferença, e se você tiver uma das CPUs mais novas que possuam uma funcionalidade de processamento AES especializada ( AES acelerada por hardware ), o TrueCrypt tirará proveito disso também (o que irá beneficiar o desempenho).
TrueCrypt
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Eu uso o TrueCrypt para criptografar os discos rígidos inteiros de todos os meus computadores, e não experimentei nenhum problema de desempenho com ele (mesmo com minhas máquinas mais antigas) com as versões 6 ou 7 (embora a versão 5 fosse um pouco mais lenta, mas essa é a história antiga agora). Eu também estou usando o PostgreSQL para desenvolvimento de banco de dados e ele não parece ser afetado negativamente.
Você pode criar uma partição separada que contenha dados não criptografados, mas o benefício de velocidade provavelmente será imperceptível (e se um arquivo temporário com dados importantes parar nessa partição não criptografada, você terá derrotado seus esforços para usar criptografia para proteger seus dados). Criptografar tudo também é melhor porque um adversário não saberá quais dados criptografados são importantes sem primeiro descriptografá-lo, e não ter que lidar com várias partições também é mais simples.
Eu realmente gosto da idéia de usar criptografia porque se alguém roubar meu computador fisicamente, eles não poderão acessar meus dados, a menos que eles também possam descriptografá-los (mas a maioria das pessoas que roubam computadores geralmente está mais interessada em vendê-los mercado negro, e eu suspeito que os compradores geralmente estão mais interessados em comprar um computador barato para uso pessoal - se eles não conseguem acessar o sistema operacional, então meu palpite é que eles provavelmente uma nova instalação do SO).