Se você quiser excluir foo/bar , o comando desejado é rm -r foo/bar (supondo que você esteja trabalhando no diretório que contém foo ). Isso excluirá bar e tudo nele, mas deixará foo e qualquer outra coisa somente nela.
rm -r é inteligente o bastante para não recorrer a ../ - caso contrário, cada rm -r excluiria tudo.