É possível ter isso se você iniciar um segundo servidor X11 em um modo de "janela única". (Em outras palavras, exatamente como se estivesse fazendo isso no Windows.) Use Xephyr ou Xnest para isso:
Xephyr :42 & DISPLAY=:42 ssh -Y host
O servidor X11 determina como as janelas são exibidas: você pode executar o X11 em tela inteira, pode conter toda a tela do X11 em uma única janela de uma GUI já em execução, pode fazer com que as janelas do X11 se integrem à GUI já em execução. XWin e Xming têm todos os três modos, enquanto o Linux tem Xorg, Xephyr / Xnest e coisas como Xpra para cada modo.
No Windows, a GUI padrão é acessível somente através da API do Windows, portanto, um servidor X11 precisa ser iniciado separadamente - nesse caso, você está iniciando o Xming, em um modo de "janela única".
No Linux, o X11 já está sendo executado em tela cheia e o ssh
se conecta a ele. Se você quiser conter alguns programas em uma única janela, você também precisa iniciar um servidor X11 em um modo de "janela única" - somente em vez de Xming eles são chamados Xephyr ou Xnest.