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Não tente replicar o sistema de arquivos no SharePoint. Defina e faça uso de metadados úteis para ajudar a pesquisar e encontrar informações.
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Certifique-se de ativar a versão para bibliotecas de documentos (um dos benefícios é permitir que os usuários finais recuperem / cancelem documentos acidentalmente substituídos em vez de solicitar que a TI restaure a partir de backups)
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Forçar check-outs, se puder. Isso impede que várias pessoas editem o mesmo arquivo.
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As permissões são penosas, mas geralmente você pode configurá-las para fazer o que quiser. Tente herdar permissões sempre que possível e use grupos do SharePoint e grupos do AD em vez de atribuir permissões a indivíduos.