Na verdade, Scroll Reverser tem uma configuração para isso, apenas não é adicionado na GUI ... Das Perguntas Frequentes no site deles :
I am controlling a machine via remote desktop, and Scroll Reverser is running on both the local and remote machine. Anything I can do to make it work nicely? Run this command at terminal on the remote machine:
defaults write com.pilotmoon.scroll-reverser ReverseOnlyRawInput -bool YES
then quit and restart Scroll Reverser.
Para minha configuração (servidor Win 7 controlando um cliente Mac usando o Sroll Reverser) isso funciona como um encanto.