O Picasa 3 ( link de download ) tem um recurso experimental chamado "Mostrar arquivos duplicados". Ele permitirá que você selecione múltiplos (CTRL + clique ou arraste para selecionar) e, em seguida, DELETE todos eles. No entanto, isso é experimental. Algumas pessoas relatam que funciona muito bem.
O perigo é sempre que você pode excluir as fotos erradas. A razão pela qual o software que você descreve é difícil de encontrar é que ninguém quer possuir o software responsável por excluir metade das fotos de um usuário quando "eles não fizeram nada, mas agora eles se foram". :)
Encontrei uma fonte de boas informações sobre o recurso aqui: Dica do Picasa: localizando fotos duplicadas
Gostaria apenas de observar que "backup" é a palavra do dia para a aventura que você está propondo. Boa sorte!