Eu tive isso acontecendo em um sistema OpenSuse há algum tempo, chato, sim ... mas não fatal. É principalmente um problema de driver, pode ser corrigido na próxima atualização, sem contar. Isso só acontece quando você alterna entre 'framebuffers'.
Infelizmente, eu não tenho nenhuma informação boa para passar adiante, já que me afastei dessa distribuição há algum tempo, e não posso me lembrar honestamente se fiz alguma coisa sobre isso. Virar para um console de texto e voltar mudou o padrão, às vezes limpando, às vezes agora. Memória difusa.
Pesquisar um pouco mostra algumas informações promissoras, sendo esta a melhor:
Adicionar 'vga = normal' aos seus parâmetros de inicialização do grub parece ser uma solução comum, pois faz com que o adaptador gráfico retorne ao modo de texto e retorne ao modo gráfico quando você faz logout.
Não tenho certeza de como o Fedora lida com os parâmetros de inicialização, talvez alguém possa nos ajudar lá.
vga=normal