Às vezes, esse problema também aparece para mim. Eu descobri uma solução para isso. Se você tiver o Compiz Fusion Icon instalado (pacote fusion-icon), clique nele com o botão direito e depois clique na opção "Reload Window Manager". Isso sempre funciona para mim.
Claro que não é a solução para o problema, mas pode ajudá-lo até que seja corrigido. E tenho certeza que existe um comando que recarrega o gerenciador de janelas sem ter que instalar o ícone de fusão, mas eu não sei. Se alguém souber o comando, por favor poste um comentário.