Eu não acho que o VFAT suporte o tipo de permissões que você está tentando definir. Nesse caso, as permissões são definidas da mesma forma para todos os arquivos, ao montar o disco. Algo como:
sudo mount -t vfat -o uid=piftp,gid=piftp /dev/sda1 /var/www
Veja também Não é possível alterar a permissão / propriedade / grupo de disco rígido externo no Ubuntu aqui no Super User, ou o recurso externo Conecte seu Raspberry Pi a um disco rígido USB .