O Windows está executando as coisas listadas na chave RunOnce no registro .
Um deles provavelmente demorou mais do que o esperado, então você pode ver a janela real do RunOnce.exe.
EDITAR : Um pouco mais de informação:
Em aqui (traduzido para o inglês para o inglês):
Perhaps the most important moment of this phase is the automatic execution of programs present in the key of registry HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce. These programmes are implemented, as its name suggests, only once: at the time that a user with administrative privileges, log on to the machine. There is a programme responsible for carrying out this process: C:\Windows\system32\Runonce.exe. Called the "Runonce.exe /Explorer" command, which, if the user is Administrator of the computer, is responsible for executing the contents of the key RunOnce (which usually are downstream of the installation of a program).
Pelo que eu posso dizer (não há muita informação sobre isso), a opção "/ Explorer" é o que faz com que o RunOnce.exe seja executado em cada entrada nas chaves.