No menu Loja, há um item "Verificar disponibilidade de downloads", o que me leva a acreditar que a Apple mantém uma lista de todas as suas compras não baixadas. (Um episódio / música / aplicativo gratuito é apenas uma compra com um custo de US $ 0) O iTunes faz essa verificação na inicialização, vê que você comprou algo que ainda não baixou e o inicia.
Tenho certeza de que, se você deixar o download completo, ele será marcado como "baixado com sucesso" no servidor da Apple e o iTunes não continuará tentando fazer o download.
Então, resposta curta: Sim, apenas deixe terminar o download e exclua-o depois, se você não quiser.