Parece que estou necro'ando um tópico antigo, mas espero que isso ajude alguém no futuro.
O BTsync é provavelmente uma opção perfeita para você. Ele usa um enxame e rastreador privados para criar compartilhamentos de sincronização. É muito tolerante a falhas e lida com blocos de dados bem em vez de apenas a sincronização de arquivos completa.