Use AutoHotKey , com o " CoordMode " e os comandos " MouseMove "
CoordMode:
Sets coordinate mode for various commands to be relative to either the active window or the screen.
MouseMove:
Moves the mouse cursor.
Veja um exemplo para movê-lo para o centro da tela atual:
!z::
CoordMode, Mouse, Screen
MouseMove, (A_ScreenWidth // 2), (A_ScreenHeight // 2)
return