Um arquivo .app é um arquivo, contendo o próprio arquivo executável binário, assim como quaisquer recursos que o acompanham. Em essência, ele contém todos os arquivos que você veria dentro da pasta de um programa no Windows, mas para a interface do usuário ele aparece como um único item monolítico. Isso permite que os programas sejam instalados e desinstalados simplesmente colocando o arquivo .app na pasta / Applications (ou onde quer que o usuário desejar) e excluindo-o quando não quiser mais.
Quando você clica duas vezes em um arquivo .app, o manipulador aberto do sistema operacional sabe executar os binários internos.
Você pode clicar com o botão direito do mouse em um arquivo .app e clicar em "mostrar conteúdo do pacote" para ver a estrutura de pastas interna do pacote.