O local do arquivo de log pode ser definido em seu arquivo de perfil (geralmente ~/.unison/something.prf , mas como você está no OS X, ele estará em ~/Library/Application Support/Unison/ ) adicionando uma linha logfile = /path/to/log/file . Ele também pode ser substituído na linha de comando com a opção -logfile .
Geralmente, se um programa não se comporta da maneira que você quer, sugiro procurar uma opção de configuração antes de pensar em soluções complexas ou modificar o código-fonte. A documentação é sua amiga. Nesse caso, pesquisar "unison.log" na documentação levaria você imediatamente à preferência logfile .