Provavelmente algo simples como o mtime / atime no (s) arquivo (s) dentro do .zip mudou desde a criação do primeiro.
zdiff
e bzdiff
existem para diferenciar os arquivos compactados gzip e bzip2, respectivamente, no entanto, nenhum utilitário nativo existe para os arquivos zip AFAIK. Você poderia tentar algo como diffzips.pl