Você tem duas opções:
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Desative os atalhos de teclado que estão sendo capturados no mstsc.exe e, em seguida, use esses atalhos quando estiver dentro do RDP: Atalhos RDP
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Deixe a captura ativada e, em seguida, use CTRL + ALT + Break para sair da tela inteira e, em seguida, você pode usar os atalhos no computador local.