Em circunstâncias normais, deve importar ambos.
A exceção que provavelmente se aplica ao seu caso é que você está usando um cliente SSH como seu terminal. Neste caso, o Cygwin não importa o usuário vars. Você está acessando o SSH em sua própria estação de trabalho usando PuTTY ou outro cliente SSH? Se não tiver certeza, tente executar o comando echo $SSH_TTY . Se você não obtiver uma saída em branco para esse comando, isso significa que sua instância do shell está sendo executada por meio de um cliente SSH, e o ambiente local do usuário vars não será importado nesse caso.
Você tem duas opções para resolver isso ... Você pode usar um cliente de terminal local como Mintty ou rxvt em vez de SSHing, ambos originários do Cygwin, ou você pode editar o arquivo Cygwin profile em /etc para dizer para não pular vars locais ao executar através de SSH. Este link mostra como isso pode ser feito ... link