Existe um módulo no PAM que lida com a autenticação do usuário chamada pam_unix.so . Ele será mencionado em um arquivo chamado common-auth ou simplesmente auth no diretório /etc/pam.d/ . Pode haver várias entradas lá ou talvez a atualização possa tê-lo modificado de alguma forma. Você pode postar as linhas no arquivo aqui? Se você não consegue encontrá-lo, você tem que procurar o arquivo que é idêntico a common-auth em arch-linux.
Você pode ler sobre o pam e os módulos.