Um "power-off-on-reset" pode afetar seu hardware negativo (por exemplo, HDD) se você fizer isso com muita frequência ou não esperar alguns segundos antes de ligar novamente (pode afetar sua fonte de alimentação).
Em geral, a principal diferença é que cada componente do seu computador está sendo reinicializado em um power-off-on-reset. Fazer um reboot via software ou reset-switch afeta apenas aqueles dispositivos que de alguma forma estão sendo informados sobre a reinicialização por um sistema de bus ou um sinal de reset.
Se um componente está em um estado em que ele fica tão danificado que nem é possível processar esse sinal de reinicialização de que há uma diferença. Eu tive o caso de um leitor de cartão inteligente USB com drivers Win7 mal programados que requer um desligamento para trabalhar novamente. Claro que você não precisa desligar todo o PC para redefinir um dispositivo USB ...
Outra diferença será em dispositivos que estão conectados apenas à energia e não recebem sinal de reset. Eu tenho o caso, por exemplo com uma ponte SATA2IDE que não é totalmente estável ao funcionar 24 horas por dia, 7 dias por semana. A cada duas ou três semanas, eu o desligo para que funcione bem.