O console do Sejda pode ajudar (aviso: Eu sou um dos desenvolvedores):
./bin/sejda-console merge --addBlanks --directory my_files --output my_merged_files.pdf
A opção --addBlanks acrescentará uma página em branco se o número de páginas no pdf for ímpar.
Este exemplo de comando mescla todos os arquivos pdf na pasta my_files.
Faça o download da versão mais recente daqui: link
Espero que ajude!