Sua suposição é mais correta, uma gravação no disco da VM é igual a uma gravação no disco físico, embora haja muitos formatos de disco virtual diferentes e a resposta seja diferente para cada um deles, tenho certeza que alguns Os formatos implementam o armazenamento em cache, o que pode diminuir o número de gravações no disco físico.
A parte importante é que você não deve fazer na VM qualquer coisa que você não faria na sua máquina real, que inclui desfragmentação, etc ... na verdade é por isso que existe uma opção para marcar uma unidade como um SSD na maioria dos softwares de virtualização, para que os sistemas operacionais convidados desativem esses recursos que são prejudiciais aos SSDs.
Observe que o TRIM em máquinas virtuais não tem efeito, mas não é perigoso ou prejudicial de alguma forma, o controlador de armazenamento virtual simplesmente ignorará os comandos de descarte enviados pelo sistema operacional convidado.