Parece que o Git está usando um recurso avançado do sistema de arquivos (daí os "atributos estendidos" na mensagem) que não é suportado pelos comandos do subsistema BSD e, possivelmente, também pelo sistema de backup que você está usando. .
Tente usar as próprias ferramentas do sistema de backup para restaurar esses diretórios, se você usou o cp antes.
Se isso não funcionar, provavelmente será necessário clonar novamente esses repositórios e / ou alternar para um sistema de backup mais completo.