Como você está à mão com o Terminal, tente usar sudo syslog para ver todas as mensagens no banco de dados do syslog, independentemente do log de texto em que elas possam ou não ter sido gravadas.
Também procure em /Library/Logs/DiagnosticReports por falhas, bloqueios e giros de relatórios.
Os comandos sample e spindump também são seus amigos, assim como top .
Reúna algumas dessas informações e cole-as aqui (ou crie um link daqui para pastebin ou um githubist) e nos dê uma chance para descobrir isso para você.
(Não poste toda a saída de sudo syslog - provavelmente vai demorar muito tempo. Basta fazer as coisas da última vez que aconteceu.)
Atualização: Se os registros de data e hora dos registros de falhas mencionados corresponderem ao momento em que o problema está acontecendo, não se esqueça de postá-los também.
Além disso, aqui estão duas outras perguntas do SuperUser com sintomas semelhantes. Talvez olhe isso e veja se você está acertando as mesmas coisas (você não está executando o Mozy ou "Hands Off!", Não é?), Ou se você pode obter dicas de solução de problemas.