Nota: Os sistemas Linux alteraram o cabeçalho ext3 de 128 bytes para 256 bytes um tempo atrás. Qualquer versão do FreeBSD com mais de 45-70 dias não será capaz de montar partições ext. Há uma correção simples, use o cvsup para obter as fontes mais recentes e, em seguida, faça um make world. Então você poderá ler a partição ext3.
Para o FUSE, você pode configurar / usar o FUSE na caixa Linux e usá-lo com uma conta SSH na caixa FreeBSD.
O NFS no FreeBSD funciona bem, então você pode montar o sistema de arquivos de um sistema no outro sistema.
Como esses são sistemas "UNIX", o uso do rsync funcionaria e seria reinicializável. Com isso, talvez você possa iniciar uma sincronização, fazer com que ela morra por algum motivo e, quando for reiniciada, ela compara os arquivos nos dois sistemas e copia apenas os arquivos que não foram copiados na primeira execução. CP iniciará a cópia desde o começo.
Eu ficaria longe do Samba entre duas caixas UNIX, a menos que fosse sua única escolha.