Estas são apenas formas diferentes de compactar o arquivo. O conteúdo será o mesmo, portanto, você só poderá usar tar
para extrair o conteúdo de qualquer um deles.
Então, algo como o seguinte:
tar -xzvf GNS3-0.8.3-src.tar.gz
Meu palpite é que haverá um README no código não compactado que fornecerá instruções.