Eu tinha uma solução alternativa: criei uma nova pasta e configurei um filtro que movia todas as mensagens recebidas para essa nova pasta. O Thunderbird verifica se há algo novo em sua caixa de entrada, mas como não há nada, nada é exibido.
Recentemente esta filtragem começou a destruir meus e-mails. Então eu tive que desativá-lo novamente. Não tenho certeza se este é um problema IMAP do nosso servidor ou o que é.
Em qualquer caso, a solução pode ser útil para outras pessoas.
Adicionar um switch de configuração ao thunderbird seria ótimo. Eu votei no bug (apenas dois votos ... =: - ()