Editar: isso não resolve o problema de inicialização dupla do usuário original. Mas essa página foi um dos primeiros hits do Google para o meu problema de bcd-não-encontrado, então outros podem achar útil se eles estão simplesmente tentando corrigir o comportamento do BCDedit.
Parece que o bcdedit, por padrão, tenta carregar o armazenamento BCD da partição ativa. Você pode usar o diskpart para modificar qual partição está ativa.
Então eu faria diskpart como: %código% Espero que o último bcdedit encontre o seu armazenamento BCD.