Eu tive o mesmo problema.
Você pode simplesmente escrever esta linha
plink 1.2.3.4 -l root -pw pass " myscript.sh arg1 arg2"
Por exemplo, eu tive que executar um script e dar dois arquivos como parâmetros.
plink 1.2.3.4 -l root -pw pass " myscript.sh path/to/file1 path/to/file2"