De um ponto de vista mais técnico, o Jolicloud é um sistema operacional mais tradicional baseado em Linux e, na verdade, é um derivativo do Ubuntu. Isso significa que ele herda muitas coisas que fazem parte do Ubuntu, como uma estrutura de compilação baseada em pacotes usando pacotes .deb. Também herda itens como o sistema de janelas X. O resultado final é que, embora na superfície possa parecer mais diferente, sob o capô é muito mais parecido com os tradicionais sistemas nix.
O ChromeOS, por outro lado, é um retrabalho do Linux. Ele é baseado no kernel do linux, mas eles eliminaram muitos complementos de linux familiares, incluindo o sistema de janelas X, eu acredito. Isso significa que muitos processos do usuário são colocados em sandbox no modo de fazer as coisas do Google, o que será feito através da interface do navegador, ao contrário do modo puro do Linux ou do Ubuntu de fazer as coisas. Por exemplo, você não poderá hackear seu próprio aplicativo python + gtk e executá-lo diretamente no ChromeOS, enquanto é muito mais possível no Jolicloud.
Do ponto de vista de aplicativos, acredito que, como o Google está inserindo tudo em seu navegador, ele está realmente criando substitutos para aplicativos tradicionais cuja funcionalidade é perdida quando eles eliminam o suporte a gerenciadores de janelas X e de janelas. Estas são coisas como navegadores de arquivos, media players, gerenciamento de tarefas gráficas e outros. Acredito que o Jolicloud ainda utiliza muitos dos aplicativos integrados, como o nautilus, para gerenciamento de arquivos, mas eles podem estar adicionando novos aplicativos para aprimorar ainda mais sua experiência de nuvem contínua. Disto eu não tenho certeza.