Veja Posso rodar fsck ou e2fsck quando o sistema de arquivos Linux é montado? , que observa que executar qualquer fsck em um sistema de arquivos montado pode resultar em corrupção de dados ou disco.
Sugere as seguintes soluções:
A. Derrube o sistema no modo de usuário único, desmonte o sistema e execute o e2fsck
init 1
umount /dev/sda
e2fsck -y /dev/sda3
B. Inicialize a partir do CD de instalação no modo de recuperação
boot: linux rescue nomount<br/>
mknod /dev/sda
mknod /dev/sda3
fsck /dev/sda3
Outra solução seria usar o fsck para verificar o disco inteiro (exceto swap) no momento da inicialização, como root:
shutdown -Fr now
onde -F significa force fsck check e -r para reinicialização.