O Ubuntu teve um problema no qual algumas instalações emitiam um sinal sonoro durante o desligamento, causando muito incômodo. A solução deles foi colocar o pcspkr na lista negra em todas as instalações. Isso pode ser o que o Fedora fez. Dê uma olhada em seu /etc/modprobe.d/blacklist (ou equivalente no Fedora) para ver se ele tem uma entrada e tente executar modprobe pcspkr
para ter certeza de que está instalado.