Sim, remover a unidade original quando não estiver em uso deve ajudar a preservar sua bateria. Quanto menos energia a bateria tiver (principalmente coisas com motores, como unidades ópticas e discos rígidos tradicionais), melhor.
Como você disse, a máquina está mais silenciosa sem a unidade. É provável que o ruído seja a rotação do inversor (ou seja, o uso de energia) ou um ventilador na máquina girando (isto é, usando energia) para fornecer resfriamento adicional.
Se você realmente quer saber o quanto de diferença. Execute a máquina de bateria cheia para baixo com a unidade e, em seguida, sem. Tente fazer coisas parecidas durante o teste, de modo que o teste seja justo (ou seja, não navegue na Web em um teste e transcodifique o vídeo no outro). Eu imagino que você veria uma diferença nos tempos.